С 30 апреля 1809 года Севастополь был объявлен главной черноморской крепостью и в нем стал подниматься особый крепостной флаг, одинаковый с крепостными флагами имперского значения в Кронштадте, Выборге, Свеаборге.
Англо-французская осада Севастополя во время Крымской войны 1853 – 1856 годов, продолжавшаяся 349 дней, превратила город в развалины, фактически уничтожив его, а вместе с ним и весь Черноморский флот России, по приказу адмирала Нахимова затопленный на рейде.
По Парижскому миру 1856 года России было запрещено держать флот в Севастополе, и он до 1871 года был превращен в торговый город и таможенную станцию. В 1871 году, после отмены Парижского мира, царь Александр II подписал указ о восстановлении Севастополя как главного военно-морского порта России на Черном море. Но практически фортификационные работы были начаты только в середине 80-х годов XIX века. И лишь в 1890 году повелением царя от 17 мая Севастополь получил статус крепости 3-го класса, а спустя год, 30 апреля 1891 года, в нем вновь был поднят крепостной флаг. Наконец, спустя два года, было формально полностью завершено определение имперского статуса Севастополя как крепости, города и порта: 26 июля 1893 года для него был утвержден особый герб, резко, принципиально отличавшийся от всех других городских гербов тем, что его структура и эмблемы были не городского и тем более не обычного губернского или областного, а явно общегосударственного значения: щит – красного, регального цвета, как и у Москвы, за щитом – два скрещенных золотых якоря, как у крупных портовых городов, например у Петербурга, а в качестве эмблемы – грифон, т.е. родовая гербовая эмблема дома Романовых, причем с обратными финифтями (цветом) – у Романовых красный грифон на серебряном поле, а у Севастополя – серебряный грифон на красном поле, что означало особую историческую преемственность, т. е. не преемственность биологическую, династическую, или родовую, а преемственность в силу государственной истории, в силу особых военно-исторических государственных связей.
