С самого начала систематических раскопок Херсонеса Императорской Археологической комиссией, под руководством К.К. Косцюшко-Валюжинича, консервация руин является наиболее острой проблемой. В конце XIX - начале ХХ вв. консервация руин Херсонеса не финансировалась Императорской Археологической комиссией, не была обеспечена руководством специалистов-архитекторов и осуществлялась К.К. Косцюшко-Валюжиничем по собственной инициативе, за счет средств, отпускаемых на раскопки.
Фактически эти работы были ограничены консервацией мозаичных полов древних христианских храмов. Однако проводились и другие охранные мероприятия, называемые в бумагах того времени "ремонтами". В 1891 г. на главной площади Херсонеса, в связи со строительством Владимирского собора, с южной его стороны, были исследованы и "исправлены" остатки двух храмов, которые и должны были сохраняться в таком виде.
При раскопках юго-восточного участка крепостных стен, в 1899 году, К.К. Косцюшко-Валюжиничу впервые пришлось выступить в роли реставратора. Он, будучи инженером по образованию, руководил сложными работами по разборке кладки в 16 куртине, у башни XIV, внутри предполагаемых ворот, с учетом необходимости сохранения находящейся сверху средневековой калитки.
В последующие годы реставрация продолжалась: к 1902 году перекрытие ворот было укреплено пятью металлическими рельсами. Во время раскопок 1899 года был найден мраморный порог, здесь же лежали и все камни свода.
После смерти К.К. Косцюшко-Валюжинича (в декабре 1907 г.) консервация памятников вообще прекратилась. Во всяком случае, за время заведования раскопками в Херсонесе Романа Христиановича Лепера (1908-1914), не сохранилось каких-либо данных о реставрационных работах на городище.
С началом Первой мировой войны, в 1914 году раскопки в Херсонесе были прекращены военными властями, позже были запрещены даже обмеры стен, так что на долю нового заведующего раскопками Лаврентия Алексеевича Моисеева (годы заведования – 1914-1924) - досталось лишь "наблюдение" за памятниками. В основном, ему пришлось заниматься фиксацией немногочисленных разрушений, причиненных "действиями крепостной артиллерии", а позже – спасением музейных коллекций в период интервенции и гражданской войны.
Этот труднейший период в жизни музея закончился с установлением в Крыму советской власти. Раскопки Херсонеса были включены в уже сложившуюся к тому времени систему учреждений культуры. С 1921 г. Л.А. Моисеев начинает упорную борьбу за передачу усадьбы и зданий монастыря Херсонесскому музею. Этого удалось добиться только к началу 1924 года, тогда же была заказана проектная документация на ограждение территории Херсонеса и ремонт зданий, были добыты средства на эти работы. По настоянию Моисеева часть средств была направлена и на реставрацию памятников городища.