Черноморский центр подводных исследований создан распоряжением Совета министров Республики Крым от 9 октября 2012 г. № 739-р. Центр является подведомственным учреждением Государственного комитета по охране культурного наследия Республики Крым.

Предметом деятельности Центра является деятельность по проведению научно-исследовательской, научно-методической, экспозиционной, информационной и культурно-образовательной работы по исследованию, охране и использованию объектов подводного культурного наследия (научные археологические и исторические исследования, сохранение, консервация, реставрация, публикация, музеефикация); осуществление и организация их паспортизации, экскурсионного и экспозиционного использования; популяризация объектов подводного культурного наследия и научных знаний о них.

В составе Центра функционируют филиалы и отделы в Феодосии, Ялте и Черноморском.